1991-ci ildə Qarabağın Meşəli kəndində mülki əhalinin qətlində ittiham olunan Vaqif Xaçatryanın işi üzrə ibtidai istintaq başa çatıb. İş baxılması üçün Bakı Hərbi Məhkəməsinə göndərilib.
Xaçatryan iyulun 29-da Ermənistana getmək istəyərkən “Laçın” sərhəd-keçid məntəqəsində saxlanılıb.
1991-ci il 22 dekabr hadisələri, bir qrup silahlı erməninin Xocalı rayonunun Meşəli kəndinə hücum etməsilə əlaqədar Azərbaycanda açılmış cinayət işi üzrə onun barəsində axtarış elan edilmişdi.
Xaçatryan və onun əlbir olduğu adamlar 25 azərbaycanlını öldürüb, 14 nəfərə müxtəlif dərəcəli bədən xəsarəti yetirib, 358 azərbaycanlını qanuni yaşayış yerlərindən didərgin salıblar.
Xaçatryan Azərbaycan Cinayət Məcəlləsinin 103-cü (soyqırım) və 107-ci (əhalinin deportasiyası və ya məcburi köçürülməsi) maddəsilə təqsirləndirilən şəxs qismində cəlb edilib.